I formati supportati dal noto servizio di condivisione di presentazioni sono, al momento:
Presentations: PowerPoint - ppt, pps, pot, pptx, potx, ppsx; OpenOffice - odp, pdf; Apple Keynote - key, zip or pdf.
Documents & Spreadsheets: Microsoft Office - doc, docx, rtf, xls; OpenOffice - odt, ods, pdf; iWork Pages.
L' importante l'inclusione dei formati OpenOffice ed Apple rende sicuramente Slideshare più corretto e meno "schierato".
In ogni caso il formato più idoneo, meno vincolante, per la condivisione in rete rimane, a mio avviso, il PDF.
Lascerei, infatti, i formati proprietari alle presentazioni dirette in cui la presenza di effetti, transizioni ed altro viene gestita dall'oratore.